小程序备案和网站备案的主要区别在于备案主体的不同。

小程序备案是针对微信平台上的小程序的备案，由小程序所属企业或个人负责。小程序备案需要提供小程序名称、运营者身份证号码、手机号码、服务器托管地、网站ICP备案号等信息，备案后小程序才能在微信平台上运营。

网站备案是针对互联网上的网站的备案，由网站所有者或运营者负责。网站备案需要提供网站名称、备案主体、网站域名、服务器托管地、网站备案号等信息，备案后网站才能在互联网上运营。

总的来说，小程序备案和网站备案都是为了保障互联网信息安全，加强对互联网内容的监管。备案的主要区别在于备案的对象不同，备案所需提供的信息也略有不同。